פינת גורדון: לאגף הטבע העשיר, בקומה השנייה של המבנה העיקרי של המוזיאון, עולים דרך "פינת גורדון". כאן מציגים את הילקוט ואת הארגז של א.ד. גורדון, שבו שמר את יצירותיו הספרותיות ואת הגותו. הילקוט והארגז הרשימו גם את הסופר צייר נחום גוטמן, שהנציח אותם ברישומיו. כתבי היד של א.ד. גורדון שמורים בארכיון המוזיאון.
יעקב פלמוני תיאר אותם במלים האלה: "תיקו היה רק ילקוט צד של חיילים. הוא אף התקין לו בית אחיזה מעור וחוט ברזל. את ערכי היקר שלו, את כתבי היד שלא ראו אור בחייו והטיוטות לחיבוריו שנתפרסמו בשעתם, שמר האיש לא בתיבת מתכת נאה, כי אם בארגז - זה החומר האוניברסלי אשר היה מספק את כל צרכי הריהוט של בני העלייה השנייה. אכן, תיבה דלה זו, אשר אצרה בתוכה תוכן עשיר כל כך, בכוחה ללמדנו את הסוגיה של ‘תוך וקליפה‘, יותר מכל תורה שבכתב ובעל פה" (עיונים ורחשי לב, הוצאת דגניה א‘ ויסוד, 1972).
אגף הטבע: אגף הטבע העשיר גדול מכדי שננסה לתארו במסגרת רשימה זו. יש כאן עשרות פוחלצים של יונקים ועופות. אחד מהם הוא פוחלץ של העוף הנדיר נחשון, שנכחד מהארץ עם ייבוש הכנרת. בפוחלץ הנשר נראה היטב חור הקליע שפגע בו. המסורת מספרת שמי שירה בנשר, הובא לדין והוא התגונן מפני האשמה בתיאור ססגוני המספר כיצד הנשר תקף אותו. "הנשר אשם", פסק השופט. מוצג מעניין אחר הוא עורו של נמר הגליל, שניצוד בשנת 1938 ליד קיבוץ חניתה.
במגירות שמור אוסף של כ=3,000 צמחים מיובשים, מאובנים ומינרלים. כמוזיאון העוסק גם בחקלאות, תוכלו להתרשם כאן מאוסף זני חיטה, מביצי תרנגולת המדגימות תופעות מוזרות כגון ביצה בתוך ביצה, או ביצים מוזרות שעין לא ראתה כמותן.
בעלי חיים, בעיקר מקבוצת הזוחלים והדו=חיים, שמורים בנוזלים. בין השאר שמורים כאן צפע שבלע ציפור והיא נראית בקיבתו. הנחש הכיש את אחד מחברי דגניה א‘, אך מכיוון שהכיש את הציפור קודם, לא נותר לו ארס רב ולחבר הקיבוץ לא קרה דבר. הצלופח השמור בצנצנת הוא עדות לניסיון מעניין לגדל צלופחים בכנרת, ניסיון שלא צלח.
אי אפשר לסיים בלי "מורשת קרב". ובכן, הארון המרכזי של שימור הנחשים נבנה מראש כסליק של ה"הגנה".

אגף הטבע – בו נמצאת פינה לזכרו של א. ד. גורדון, הוגה תורת- העבודה ושומר הטבע הציוני הראשון. בתצוגה חפצים אישיים וכתבים מקוריים.