בית גורדון נמצא בקבוצת דגניה א‘, "אם הקבוצות והקיבוצים", והוא המוזיאון הראשון שהוקם בהתיישבות העובדת. בשנת 1935 הונחה בקיבוץ דגניה, הקיבוץ הראשון בעולם, אבן הפינה לאוסף וספריה לטבע על-שם איש העליה השניה, אהרון דוד גורדון. א.ד. גורדון נחשב ל“אקולוג“ הציוני הראשון, ומן הראשונים בעולם שהעלו על נס את חשיבות הטבע לאדם ואת ערך השמירה עליו. במרכז משנתו עמד ערך “העבודה“ כתכלית האדם, ובמיוחד עבודת האדמה הקושרת את האדם אל מולדתו, אל הטבע ואל הקוסמוס כולו. א.ד. גורדון טבע את האמרה "ולקחת תורה מפי הטבע" שהיוותה את הבסיס הרעיוני להקמת המוזיאון, המנציח את הערכים המרכזיים במשנתו – ערכי הטבע, העבודה והחקלאות.

מי שהיה אמון על הקמת הבית ועיצב את תכניו ואופיו היה המורה לטבע, יעקב פלמוני. פלמוני נולד בשנת 1897 באוקריאנה ועלה לארץ בשנת 1922. הוא היה אוטודידקט, דיבר וקרא בשפות רבות והתפרסם בישראל בתצפיות הטבע והחקלאות שערך. דרכו של א.ד. גורדון וקרבתו אל הטבע היו בעיני פלמוני למופת, והוא הגדיר את מטרותיו כנושא הדגל של חשיבות המדע, חיי הטבע וחיי הכפר ליישוב בארץ. "לטפח ולעורר את התעניינות הציבור במדעי הטבע בכלל... להרבות את דעת החקלאות ולהאדיר את תרבות הכפר בישראל", כפי שנכתב במטרות האגודה שהוקמה לצורך הפעלת הבית. 

מלאכת התכנון נמסרה לאדריכל יוחנן רטנר ואת הבניה ביצעה קבוצה של עולים חדשים מקבוצת דגניה ב‘, אך עבודות הבנייה נמשכו זמן רב עקב בעיות תקציב. הפועלים, שהזדהו עם הבית ומסריו, תרמו, כל אחד, לירה משכרו או יום עבודה. בחודש מרץ 1941 נפתח הבית למבקרים. המבנה מוכרז כמבנה לשימור על-ידי המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל.

בשנות ה-50 נוסף לבית מגדל מים ובראשו נבנה מצפה כוכבים ובו טלסקופ (למרות מיקומו באחת הנקודות הנמוכות בעולם). כך הושלם הבית כפי שהגה אותו  פלמוני, כשתחומיו מקיפים עולם ומלואו, שמיים וארץ.

במקביל נבנו גם אולם להרצאות ולהתכנסויות ובהמשכו, חדרים לעבודת פלמוני ולאחסון האוספים שלו. שני המבנים חוברו במרפסות מקורות. חזית אולם ההרצאות עוטרה בתמונות קרמיקה של האמן הישראלי מירון סימה, שנושאן הכשרת הקרקע וייעור הארץ. התכנון נעשה על-ידי האדריכל בן ציון (רוברט) ריפר, חבר קיבוץ דגניה ב‘.

בשנות ה-60 נרקמה תוכנית להקמת אגף חדש, שיוקדש לתולדות האזור, בחסות אלינור רוזוולד. התוכנית לא יצאה אל הפועל.

באביב 1977 נחנך ע"י זלמן וינוגרדוב אגף חדש בבית גורדון, לתולדות בקעת כנרות. האגף הציג את העבר הרחוק והקרוב של האזור וכלל שני אגפי משנה:
- אולם כנרות- תערוכה ארכיאולוגית בה הוצגו ממצאים מראשית התיישבות האדם באתר עובודייה ועד תחילת המאה העשרים.
- תערוכה בחצר בית גורדון בה הוצגו כלים ומתקנים חקלאים עתיקים וממצאים ארכיאולוגים מיוחדים.

בשנת 2016 נסגרה התערוכה באולם כנרות והוחזרה לרשות העתיקות. 

בשנת 1983 התחיל לפעול בחדרי פלמוני בית ספר שדה כנרות של החברה להגנת הטבע. בית הספר פעל בבית גורדון במשך 14 שנה ונסגר בשנת 1997, כאשר אוחד עם בית ספר שדה אלון תבור.

בשנות ה-90 נבנה אגף נוסף במוזיאון "בעקבות ראשונים". האגף הוקדש לחלוצי ההתיישבות הציונית החדשה. בהמשך הוסב המבנה לאולם לתערוכות מתחלפות.

בשנת 2010 הוכר בית גורדון  כאתר מורשת לאומית על ידי ממשלת ישראל. באמצעות התקציב שהתקבל מפרויקט אתרי מורשת שופץ אגף "בעקבות ראשונים" ובקרוב יפתח בו מיצג אקולוגי מרהיב  - "מעירים את הטבע".

בימים אלו עובר בית גורדון תהליך התחדשות. אנו מתנצלים על אי-הנוחות הזמנית וממליצים לעקוב אחר תהליך ההתחדשות ופעילויות מיוחדות באתר ובדף הפייסבוק של המוזיאון.
אנו מאחלים ביקור מהנה!